Beschreibung
Metroid Prime 3 folgt chronologisch direkt auf Metroid Prime 2 und führt die Trilogie zu Ende. Eine föderierte Station auf dem Planeten Norion wird von den Weltraumpiraten angegriffen. Samus und den anderen Kopfgeldjägern Rundas, Ghor und Gandrayda wird von einem intelligenten, organischen Computer, einer so genannten Aurora-Einheit, aufgetragen, bei der Verteidigung der Station zu helfen. Dazu sollen sie eine Kanone starten, die jedoch die Aktivierung dreier Generatoren verlangt. Zu allem Überfluss stellt die Galaktische Föderation dann fest, dass ein Meteorit geradewegs auf Norion zurast. Er kann nur mit der Kanone zerstört werden, allerdings muss diese schnell genug startbereit gemacht werden. Kurz vor der Aktivierung der Kanone, als sich der Meteorit schon in der äusseren Atmosphäre des Planeten befindet, erscheint die dunkle Samus aus ihm und startet eine Phazon-Attacke gegen die Kopfgeldjäger, die sie bewusstlos macht und durch die ein Phazon-Kern in sie eingepflanzt wird. Mit letzter Kraft gelingt es Samus schliesslich, den Schalter zum Starten der Kanone zu betätigen und so den Meteoriten noch rechtzeitig zu zerstören.
Einen Monat später erwacht Samus aus ihrem Tiefschlaf und merkt, dass ihr Varia Suit zum Phazon Enhancement Device (PED) Suit umgerüstet wurde. Dieser ermöglicht es Samus, durch das Phazon in ihr in den so genannten Hypermodus zu wechseln, in dem sie unverwundbar ist und den auf Phazon basierenden Hyper Beam und weiteres Hyper Equipment benutzen kann. Allerdings verbraucht sie dabei Energie und wird immer mehr von der dunklen Samus besessen ("Corruption"). Samus erfährt, dass die anderen Kopfgeldjäger dasselbe System erhielten, jedoch schon früher aus dem Koma erwachten und auf verschiedene Planeten geschickt wurden. Dort sollten sie die phazonproduzierenden Meteoriten der dunklen Samus, die Leviathane, zerstören, damit die Ausbreitung des Phazons verhindert werden kann. Jedoch ging der Kontakt zu den Jägern verloren und so erhält Samus die Mission, die Planeten Bryyo und Elysia aufzusuchen. Rundas wurde nach Bryyo geschickt, Ghor nach Elysia und Gandrayda sollte den Stützpunkt der Weltraumpiraten aufsuchen. Zuerst wurde Samus nach Bryyo geschickt um den Leviathan zu zerstören. Dieser wurde aber durch ein Schild und drei Abwehreinheiten geschützt. Auf der Reise in Bryyo trifft Samus auf Rundas, der sie aber auf mysteriöse Weise angreift. Nach dem Kampf gegen Rundas stellt Samus fest, dass sie nicht wirklich gegen Rundas kämpfte sondern gegen Rundas der von der Dunklen Samus überfallen war. Nachdem der Leviathan in Bryyo vernichtet war, wurde sie nach Elysia geschickt. Dort traf sie auf Ghor, der sie ebenfalls angriff. Aber auch Ghor wurde nur von der Dunklen Samus überfallen. Auf Elysia wurde der Leviathan durch ein extrem starkes Schild geschützt, dass von einer Art Atombombe zerstört werden musste. Auf der Suche nach den Teilen für die Bombe befreite Samus in einem eher düsteren Teil der Forschungsanlagen auf Elysia beim Entnehmen einer Energiezelle und Finden einer neuen Waffe Metroids, die Titelgebenden Lebensform. Danach sind die Metroid als Gegner an einigen Stellen im Spiel zufinden (z. B. Valhalla, Heimatwelt der Piraten, Phaaze). Nachdem Samus auf Elysia den zweiten Leviathan vernichtet hatte, wurde der Heimatplanet der Piraten geortet. Dort traf sie natürlich auch auf Gandrayda, die wie nicht anders zu erwarten war auch von der Dunklen Samus überfallen worden war. Auf der Heimatwelt der Piraten gab es ebenfalls auch einen Leviathan, der zerstört werden musste. Nun sind alle Leviathane zerstört...allerdings gibt es noch eine letzte Aufgabe. Den Planeten des Ursprungs allen Phazons zu zerstören (Phaaze). Sowohl die Meteoriten von Metroid Prime und Metroid Prime 2 waren Leviathane, die von diesem Planeten abgeschossen wurden. Phaaze wird von den Weltraumpiraten als "der lebende Planet" bezeichnet, da das Phazon sich dort inzwischen so stark ausgebreitet hat, dass der gesamte Planet aus eben jenem Mutagen besteht, von der Oberfläche bis zum Planetenkern. Dieser Planet ist jedoch soweit entfernt, dass er nur durch ein Wurmloch zu erreichen ist. Dieses Wurmloch konnte jedoch nur durch ein Schlachtschiff der Leviathane erzeugt werden. Doch um die Kontrolle über einen Leviathan zu erreichen braucht man einen Geheimcode. Um diesen Geheimcode herauszufinden musste sie zur G.F.S Valhalla, die vor fünf Monaten zerstört worden war. Nachdem der Leviathan unter Kontrolle gebracht wurde, konnte das Wurmloch erreicht werden. Samus wurde von mehreren Einheiten der GF unterstützt. Auf dem Planeten Phaaze traf sie endlich auf die Dunkle Samus. Nachdem sie jedoch besiegt worden war, vereinte sie sich mit der Aurora Einheit, die von der G.F.S Valhalla gestohlen worden war. Und nachdem die Aurora Einheit zerstört worden war konnte die Verseuchung von Samus endgültig aufgehalten werden. Der Planet explodierte, das Phazon war vernichtet und die Weltraumpiraten waren am Ende ihrer Kräfte. Wenn man 100% aller Gegenstände einsammelt, bekommt man ein besonderes Ende zu sehen, indem der vom Planeten Elysia fortfliegenden Samus ein Raumschiff folgt. Dieses weisst grosse Ähnlichkeiten mit dem Raumschiff des Kopfgeldjägers Sylux aus Metroid Prime Hunter auf.
Metroid Prime 3 ist das erste Metroid-Spiel für Nintendo Wii. Es basiert auf einem völlig neuen Steuerungssystem, ermöglicht durch den Wii-Controller. So wird beispielsweise durch einfaches Zeigen auf den Bildschirm gezielt und der Grapple Beam durch Schütteln der Nunchuk-Erweiterung ausgelöst. Das Spiel verfügt nicht über einen Mehrspieler-Modus und unterstützt nicht die Nintendo Wi-Fi Connection. Allerdings können durch WiiConnect24 Freundes-Coupons, die im Spielverlauf gefunden werden, mit Freunden ausgetauscht werden, wodurch man Freundes-Credits erhält, mit denen viele Extras freigespielt werden können. Ausserdem ist es möglich, im Spiel Fotos vom Spiel zu machen und sie dann auf der Wii-Pinnwand zu speichern.